El 18 de enero de 1944, a través de la Ley 9890, se le denominó «Leoncio Prado» (en honor al héroe peruano fusilado por los chilenos en 1883, de quien era medio hermano el presidente Manuel Prado) y el 15 de julio del mismo año inauguró oficialmente sus labores académicas. Fueron sus primeras autoridades el director coronel EPJosé del Carmen Marín Arista y el doctor Manuel Velasco Alvarado como director de Estudios.En 1945, asumió la dirección del colegio el coronel EP Juan Mendoza Rodríguez. Entre sus primeros maestros se encontraban Julio A. Chiriboga Vera, Gustavo Pons Muzzo, Alberto Tauro del Pino, AlfredoRebaza Acosta, Walter Peñaloza Ramella, Humberto Santillán Arista, Flavio Vega Villanueva, Hermann Buse de la Guerra, Ricardo Cazorla Sormani, Luis Bedoya Reyes, César Moro, Antenor Samaniego, Aníbal Ísmodes, entre otros.

El 18 de enero de 1944, a través de la Ley 9890, se le denominó «Leoncio Prado» (en honor al héroe peruano fusilado por los chilenos en 1883, de quien era medio hermano el presidente Manuel Prado) y el 15 de julio del mismo año inauguró oficialmente sus labores académicas. Fueron sus primeras autoridades el director coronel EPJosé del Carmen Marín Arista y el doctor Manuel Velasco Alvarado como director de Estudios.En 1945, asumió la dirección del colegio el coronel EP Juan Mendoza Rodríguez. Entre sus primeros maestros se encontraban Julio A. Chiriboga Vera, Gustavo Pons Muzzo, Alberto Tauro del Pino, AlfredoRebaza Acosta, Walter Peñaloza Ramella, Humberto Santillán Arista, Flavio Vega Villanueva, Hermann Buse de la Guerra, Ricardo Cazorla Sormani, Luis Bedoya Reyes, César Moro, Antenor Samaniego, Aníbal Ísmodes, entre otros.

Con respecto al local, desde sus inicios hasta la actualidad siempre lo ha constituido el cuartel de la «Guardia Chalaca» construido en 1932 y abandonado hasta 1944 en que se decidió que el CMLP funcionara ahí, el mismo que, al iniciarse las labores, sólo contaba con dos pabellones sin puertas ni ventanas; pero que con el devenir del tiempo ha sido implementado con diversos ambientes como cocina, comedor, dormitorios, enfermería, laboratorios, oficinas administrativas, auditorio, piscina, estadio, biblioteca, casinos, gimnasio, talleres, coliseo cerrado, en fin, todo lo requerido para contar con un escenario educativo ad hoc a los objetivos de la creación del colegio. 

En sus inicios se denominó Colegio Nacional Militar Leoncio Prado, luego pasó a ser Colegio Militar Leoncio Prado (1944). Su finalidad era impartir conocimientos de nivel secundario inculcando virtudes castrenses, para facilitar el buen desempeño de quienes aspiraban a ingresar a las instituciones militares.

1. Augusto Ríos Gamarra (1972)
2. Arturo Pastor Bustamante (1973-1974)